Schnell wird klar, dass Ihr zuerst die Insel-Welt J`anin betreten müsst, um das Geheimnis um die D`Ni lüften zu können. Dort angekommen gilt es, die Insel mit all ihren Mysterien zu erkunden. Die rätselhaften Apparaturen müssen in die richtige Position gebracht werden, um so an die Verbindungs-Bücher für die vier weiteren Welten (darunter auch eine Technik- sowie eine Pflanzen-Welt) zu gelangen. Ihr müsst die Rätsel allesamt, wie schon in den beiden anderen Teilen, durch Kombination lösen, ohne dass wie in klassischen Adventures Gegenstände mitgenommen werden können. Der Schwierigkeitsgrad der Rätsel ist deutlich einfacher als beim – beinahe schon unlösbaren – Vorgänger Riven. Für Einsteiger ins Genre ist das Spiel dennoch nur eingeschränkt geeignet, da die Kniffeleien oft große Geduld erfordern. Sogar selbst angefertigte, handschriftliche (!) Notizen und kleine Skizzen sind vielfach notwendig.
Die Steuerung von Myst III: Exile ist wesentlich freier als bei den Vorgängern der Serie, da Euch diesmal eine 360°-Rundumsicht zur Verfügung steht. Leider verändert sich hierbei der Mauszeiger nur, wenn eine Handlung (z.B. Knopf drücken) möglich ist und nicht auch um anzuzeigen, wohin Ihr gehen könnt. Dies macht das Auffinden des richtigen Weges oft sehr mühsam. Eine völlig freie Bewegung durch die Landschaft ist jedoch nicht möglich, da diese wie schon in Myst in Räume aufgeteilt ist. Dafür gibt es wieder den bewährten ZIP-Modus, mit welchem Ihr bereits beschrittene Pfade abkürzen könnt.